Les stations d'épuration des eaux usées communales et l'agriculture comptent parmi les principales sources de pollution des cours d'eau et affectent les communautés aquatiques.
Les résidus de médicaments, les nutriments, les biocides, les bactéries résistantes et les métaux lourds, par exemple, parviennent dans les milieux aquatiques via les stations d'épuration. L'agriculture, pour sa part, est principalement responsable de l'apport de pesticides, de sédiments fins et de nutriments. On sait peu de choses sur l'influence relative de ces deux sources. Une étude de l'Eawag montre aujourd'hui que les substances agricoles ont une plus grande influence sur la vie dans les rivières et les ruisseaux que les eaux usées traitées. Ces dernières jouent un rôle moindre dans la composition des espèces de micro-organismes.