Il FIBER è finanziato in parti eguali dall’Ufficio federale dell’ambiente UFAM e dall’istituto di ricerca acquatica Eawag ed è diretto da un comitato direttivo nel quale siedono, oltre ad UFAM ed Eawag, un rappresentante dei servizi cantonali della pesca (Conferenza dei servizi per la caccia e la pesca CCP e Associazione svizzera dei guardapesca ASGP) e un rappresentante della Federazione svizzera di pesca FSP. Il comitato direttivo opera in modo collegiale e prende le decisioni strategiche più importanti. Oltre a ciò, i vari rappresentanti dei Cantoni e della FSP assicurano il contatto con la base e si fanno promotori delle richieste dei pescatori.
Nel comitato direttivo attualmente siedono: